Intorno al 1967 vennero effettuati, in località Frattesina, i primi ritrovamenti archeologici, soprattutto ceramici e ossei, relativi ad un insediamento protovillanoviano. Nel fondo Gabriele-Casari, sono state condotte 11 campagne di scavo tra gli anni 1974 e 1989 sotto la direzione di Anna Maria Bietti Sestieri. Ricerche di superficie e prospezioni, sulla base di dati acquisiti con teleosservazione, sono ripresi nel 2014. Nel 2005, durante i lavori consortili per il “Completamento del riordino idraulico del bacino Valdentro” sono stati portati alla luce, in località Narde, numerosi reperti attribuiti a una vasta necropoli dell’XI – IX secolo a.C.

I tesori emersi dagli scavi sono visibili nel museo archeologico nazionale di Fratta Polesine, presso le barchesse di Villa Badoer. Le prime notizie storiche risalgono al 1054 quando il Vescovo di Adria, Benedetto I, ottenne il feudo comprendente, tra gli altri, anche il territorio di Fratta Polesine, allora nota con il nome di Villa Comedati. Nel 1104 i Vescovi vi costruirono un Castello (Castello della Fratta), attorno al quale si svolsero lotte terribili per il suo possesso tra i Vescovi, i Veronesi e gli Estensi. Distrutto e riedificato più volte, passò infine nelle mani dei Pepoli; gli ultimi resti del castello scomparvero definitivamente al principio del XIX secolo. Nel 1395 Fratta passò sotto la Repubblica di Venezia e vi rimase fino al Trattato di Campo Formio del 1797. Durante tutto il periodo passato sotto la Repubblica di Venezia, Fratta ricevette un’attenzione particolare da parte dei Nobili Veneziani, che la scelsero come luogo di villeggiatura estiva. A Fratta, infatti, sorgono numerosissime ville venete tra le quali spicca la “Badoera”, costruita nel 1570 dall’architetto Andrea Palladio.